曹魏时，太平道已随黄巾起义被镇压而衰微，正一盟威道随系师张鲁之归顺曹操与移民北迁，到达曹魏本土，即今河南、河北一带。曹操、曹丕鉴于黄巾起义，害怕农民起义者利用宗教组织起来进行革命，便对早期道教采取了两手政策，一方面进行限制或镇压，另一方面又进行利用和改造。曹操将在社会上有影响的一些神仙方士，如左慈、甘始、郄俭等，召集到身边，既可以谋求养生方术以延年，又可以防止他们鼓动老百姓造反。因此，这时有很多门阀士族加入道教，遂促使道教发生了分化。从曹魏时期开始，道教逐渐分化为上层神仙道教和下层民间道教两个较大的层次。随着正一盟威道在门阀士族中的逐渐传播，其地位日益提高。是故，人们逐渐改称正一盟威道为天师道。
魏晋时期天师道仍保留了早期正一盟威道的一些宗教内容，但也发生了某些变化，出现了某种混乱局面，如；因原有的组织系统随北迁而解散，祭酒们便各自为政，人人称教，各奉异法，祭酒职务的拜署也各自设置，造成道官制度的混乱，许多祭酒和道民不守教规，等第。
至东晋，道教逐渐从低谷中崛起。其表现之一是，道教的神仙理论获得了重大发展，并初成体系。这以倡导神仙道教的理论家和实践家葛洪所著的《抱朴子·内篇》为标志。
葛洪（283—363年），字稚川，号抱朴子，丹阳句容（今属江苏）人。是东晋著名的道教理论家、炼丹家、医药学家。他一生著述不缀，养生修道，以丹鼎生涯终老。葛洪最有代表的著作是《抱朴子》一书。全书分为《内篇》和《外篇》。《内篇》讲神仙方药、鬼怪变化、养生延年、禳邪却祸，属道家；《外篇》言人间得失、世事臧否，属儒家。
葛洪《抱朴子·内篇》总结了战国以来神仙家的理论；又继承魏伯阳的炼丹理论，集巍晋炼丹术之大成，所举仙经神符，多达282种。当代著名道教学者王明先生在《抱朴子内篇校释》的序言中谓：“总的来说，《抱朴子·内篇》是道教史上一部具有比较完整的理论和多种方术的包罗万象的重要著作。”《内篇》充实和发展了神仙道教的学说，促使道教转向以追求长生成仙为最高目标，在道教思想教义的发展史上具有重要的地位。《内篇》的问世，标志着金丹道教神仙理论体系的确立，同时，也标志着上层神仙道教勃兴的开始。
表现之二是，继葛洪之后，又出现了传授经系而形成的上清、灵宝、三皇等道教经箓派。
《上清经》系是由巍华存（252—334年）创始，由杨羲（330—387年）、许谧（？—376年）共同完成的，其主要经书为《上清大洞真经》及《黄庭经》等；《灵宝经》系是由葛巢甫（葛洪的族孙）所撰作而成，其主要经书为《元始无量度人经》；《三皇经》系是由西晋鲍靓传《三皇文》至东晋而显于世的，道教所说的《三皇经》，包括《三皇文》和《五岳真形图》。
《上清经》系的问世是杨羲和许谧、许翙继葛洪之后对神仙道教的又一次改革和发展，它为道教茅山宗的形成奠定了基础。上清派其修行理论认为人身中各部位均有真神镇守，修道者思神服气、叩齿咽液、固精安神，辅以诵经念咒，便可以内保脏腑，外却灾邪，飞生成仙。上清派着重个人修炼，开创人物又均系高门士族出身，有教高的文化修养，因而易被上层社会所接受和赞赏，这是此派能够不断发展壮大的原因之一。
灵宝派以重视符箓科教和斋戒仪轨，注重劝善度人，宣称“普度一切人”。灵宝派在修持方法等方面，吸收了天师道和上清派的长处，使它的宗教活动能吸引群众，成为晋末宋初很有社会影响的大道派。后衍变为阁皂宗。
巍晋时期，除上述葛洪金丹派神仙道教、上清派、灵宝派外，还有李家道、帛家道、于君道等较有影响的道派。另外，有显于后世的楼观道、龙虎宗、净明派，都可以追溯的巍晋时期。
南北朝时期（420—589年），出现了众多的道教改革家、理论家，经过他们的努力，使道教面貌焕然一新。这一时期，为道教日趋成熟的时代。
在北朝 ，对北方天师道（正一盟威道演变而来）进行改革的代表人物是北巍的著名道士寇谦之（365—589年）。据《巍书·释老志》载，寇谦之“少修张箓之术”，为正一盟威道教徒，后又师成公兴，随其入嵩山修炼，隐居石室，服食采药。至神瑞二年（415年），感太上降临山顶，授天师之位，并赐《云中音诵新科之戒》20卷，命他“宣吾新科，清整道教”。寇谦之对道教进行改革的的总原则是“以礼度为首”。主要措施是“除去三张伪法，租米钱税及男女合气之术”，使道教“专以礼度为首，而加以服食闭炼”。是时，诵习道经，亦改“直诵”为“乐诵”，即诵经时用音乐伴奏。经过寇谦之改革后的北方天师道被称为新天师道或北天师道，其主要特点是：
第一， 尊奉老子为太上老君，老子“先天地生”、“为神王之宗”，是天地间至高至尊的神。理顺了以前道教信奉的群仙系统，把杂乱无章的原始道教提高到宫观道教的水平。
第二， 变原始道教为贵族和平民都能信奉的官方认可的正统道教。
第三， 设立道坛，以礼拜求度为主，辅以炼气服食。
第四， 首创了帝王受道教洗礼，登坛受箓制度。
这样，由于寇谦之的道教改革，不仅在宗旨、组织、道经、斋仪等各方面创立了新道教的基本规模，而且将帝王和各级贵族吸收入道，从理论上和实践上协调、密切了道教与统治阶层的关系，变农民为主的宗教为全社会各阶的宗教，在道教发展史上起了一个鲜明的里程碑的作用。因此，经寇谦之改革后的天师道便能够广泛传播开来，并一度成为北朝的国教。
继寇谦之之后，南朝刘宋时，又有庐山道士陆修静（406—472年），对南方的天师道进行了改革。
陆修静自少修习儒学，爱好词章，年长时弃家入云梦山隐居修道。
陆修静对南朝道教的改革主要体现在他的《陆先生道门科略》中。在这部著作中，他提出了一套整顿、改革的措施。
首先，他提出整顿组织系统，健全三会日制度。三张时期，天师道的根本组织系统是“立治置职”，，掌管治的祭酒既是宗教骨干，又是行政官吏，祭酒的职权就是“领户化民”。而要不断的加强这种道官、道民之间的统属关系，还要有一些制度来保证。“三会日”制度就是其中重要的一项。可是这个重要的制度在张鲁时期后逐渐废弛了。为此陆修静决心把“三会日”制度重新建立起来和健全起来，以期扭转已经混乱的组织状况。
其二是加强“宅录”制度，整顿名籍混乱的状况。所谓“宅录”，类似封建国家编户齐民的户籍簿，即道民入道，须把全家的男女人口数申报登记。若有家口增减，皆须由户主携带宅录和命信（既敬神的信物）去本治上户或除名。道师凭此向天曹启告，请天神守宅之官保佑道民家口安全，禳灾祛祸。很显然这也是道教组织管理的一个重要方法。但是在三张之后，这项制度也完全废弛了。于是就出现了诸如“或死骨烂，籍犹载存；或生皓首，未被纪录；或纳妻不上，或出嫁不除”的“糊涂账”。这样就很不利于对道众进行管理，自然也就不利于整个道教的正常发展。因此，陆修静主张彻底清理宅录，规定以每年三会日的最后一天，作为登记、审核宅录的最后期限，限定那一天每个道民必须携带命信到本师治所，由本师给以注籍。
其三便是禁止道官各行其事，自行置职，健全道官按极晋升制度。张陵、张鲁时期逐步建立和完善的道官制度较为严格，道官的升迁要按照一定程序来执行。但是这种能保证道官质量的制度在张鲁以后也逐渐的废除了，因此陆修静主要对祭酒进行了整顿，恢复和健全天师道过去的依功受箓和按级晋升的制度，强调必须“精察施行功德，采求职署，勿以人负官，勿以官负人”的态度。
其四是始创服饰规范。在《传授经戒仪注诀·衣服法第九》中，规定道士须具有“葛巾、单衣、被、履、手板”，并且要“皆应新净，勿用故败”，“富不得奢靡，贫不得秽陋，调和中适”。
宋明帝时（465—472年），他将收集的道书（其中有上清、灵宝、三皇各派的经典），加以整理甄别，鉴定其中经戒、方药、符图等1228卷，分为“三洞”（即洞真、洞玄、洞神）。泰始七年（471年）又撰定了《三洞经书目箓》，成为我国最早的道教经书总目，并奠定了后世纂修《道藏》的基础。他还在总结自天师道以来原有的各种斋仪的基础上，进一步完善了道教的斋醮仪范，以适应道教发展的需要。陆修静编著有关斋醮仪范的著作多达100余卷，基本上完成了道教的科仪。著述中，继承了早期天师道（正一盟威道）三元日祭祀三官（天官、地官、水官）的仪式，对上清派、天师道等道派的斋醮制度作了明确的叙述和规定，使这些仪式中的祝香、奏启、请事、礼谢、原念等都统一起来。
经陆修静改革后的南方天师道被称为南天师道，在南朝曾得到一定的发展。不过它的发展很快被上清派和灵宝派的兴盛所遮掩，而逐渐不显于世了。
稍后于陆修静，南朝又出了个博学多才的道教学者陶弘景，他对以前流行于南方的葛洪金丹道教、杨羲的上清经箓道教及陆修静的南天师道，又进一步总结、充实和改革，开创了茅山宗。
陶弘景（456—536年）南朝齐、梁时道教学者、炼丹家、医药学家。字通明，自号华隐居，谥贞白先生。丹阳秣陵（今江苏南京）人。是陆修静门徒孙游岳的弟子。他中年隐居修道于茅山，着手弘扬上清经法，除广泛收集整理上清经外，又撰写带有教派史性质的《真诰》，著有《登真隐诀》、《真灵位业图》等重要道书。建立了较为系统、完善的神仙信仰体系。晋代、刘宋以来，到茅山修道的人很多，但并未把茅山发展成为上清派的基地。陶弘景居茅山后，开设道馆，招收徒弟，弘扬上清经法，使茅山成为上清派的传道基地，并形成了茅山宗。该宗特点是以上清经箓为主，兼收并蓄各派道法及儒释思想。陶弘景所开创的茅山宗，对后世道教的发展，有着深远的影响。
陶弘景在养生方面主张形神双修，养神与炼形并重。在《养性延命箓》中，他对养神、炼形、行气、导引、房中等养生方法都作了比较科学的阐述。在以医药学方面，他的成就也很大，著作也最多，在祖国医药学史上占有重要的地位。
