经过五代十国短暂的动乱和分裂，北宋王朝建立后，国家又重新归于统一。北宋历代帝王承袭唐朝道儒释兼容和对道教崇奉扶植政策，其中真宗、徽宗尤以崇道著称。
宋真宗赵桓崇奉道教，除了效法太祖、太宗召见道士、营建宫观外，又有一些新的方面。如大中祥符五年（1012年），宋真宗称赵氏始祖“九天司命保生天尊”赵玄郎下降于延恩殿。于是，加封为“圣祖上灵高道九天司命保生天尊大帝”。次年（1013年），虔诚加封老子为“太上老君混元上德皇帝”，并行幸亳州太清宫，谒拜老子神像。宋真宗还制定了一些节日，以三月三日“天书”初降日，为天庆节；以六月六日“天书”降于泰山，为天贶节；以四月一日“天书”降于皇宫，为天祯节；以七月一日圣祖初降，为先天节；以十月二十日圣祖降延恩殿，为降圣节。真宗在位期间，还大量兴建道观，召见著名道士，命王钦若、张君房等编辑《道藏》。大中祥符（1008—1016年）初，真宗曾命王钦若总领修校道经，共4359卷，并撰成篇目进上，真宗赐名《宝文统录》，并亲自为之作序。天禧三年（1019年），真宗又命王钦若再次校理道经，与张君房一起，修成《大宋天宫宝藏》，共4565卷。张君房又据以辑成《云笈七签》122卷，进呈皇上御览。《宝文统录》和《大宋天宫宝藏》奠定了后世编修《道藏》的基本格式，对道教教理的发展起了重要作用。
宋徽宗对道教的崇信更甚：
1、政和七年（1117年）二月，称天神青华帝君下降宣和殿，又夜梦老君谕曰：“汝以宿命，当兴吾教。”四月，徽宗授意道录院册封他为“教主道君皇帝”，从而把道教变成了国教。
2、崇宁元年（1107年）建长生宫于京都。政和三年（1113年）建玉清和阳宫（旋改名玉清神霄宫），后又建葆真观、上清宝箓宫等。政和七年（1117年）下令将全国的天宁观都改名神霄玉清万寿。宣和元年（1119年）京师神霄宫告成，徽宗又亲自撰《神霄玉清万寿宫记》，赐天下勒石。
3、上玉皇大帝尊号为“太上开天执符御历含仁体道昊天玉皇上帝”，上地祗为“承天效法厚德含光大后土皇帝祗”。封庄子为“微妙玄通真君”，列子为“致虚观妙真君”，配享“混元皇帝”老子。其他诸神，并有封号。
4、政和四年（1114年）初置道阶。重和元年（1118年），置道官二十六等、道阶八等；始立道学制度，学道之人，可入州县道学教养，每年试经拔举，分若干品级；令太学和辟雍置《内经》、《道德经》、《庄子》、《列子》博士各二员，不久又于诸州添置道学博士。宣和三年（1121年），令三京置女道录、副道录各一员。
5、重和元年（1118年），用蔡京言，集古今道教事为纪、志，汉至五代为《道史》，本朝为《道典》。徽宗自崇宁年间（1102—1106年）即始谕天下搜求道书，至政和三年（1113年）十二月，又召天下访求道教仙经，编成《万寿道藏》，共5481卷，并送福州闽县刻板。
北宋时期，茅山派仍然活跃，二十五代宗师刘混康自神宗时即出入宫中，后徽宗又为其造天宁万寿观，并赐号葆真观妙先生。天师道经过近百年的沉寂，渐次兴起，如龙虎山第三十代天师张继先，崇宁三年（1104年）应召赴阙，颇受徽宗礼遇。明年五月，赐号虚靖先生，其父兄辈亦皆赐爵。符箓道教是这一时期的主要特点，并占主导地位。神霄雷法开始流行。
经过隋唐五代的酝酿、积聚，北宋时期内丹学术广泛传播开来。宋初的陈抟和神宗时的张伯端等著名的道士，对道教内丹理论的发展做出了重大贡献。
陈抟是五代末北宋初著名道士，修道于华山，宋太宗赐号“希夷先生”，一生致力于养生之道，著有《无极图》（刻于华山石壁）和《先天图》，还著有论述道教修炼的《指玄篇》（81章）等。陈抟关于内丹修炼的五个阶段（即得窍、炼己、和合、得药、脱胎还虚）和四阶段工夫（即筑基、炼精化气、炼气化神、炼神还虚）的系统总结，对后来南北二宗产生了深刻的影响。
陈抟之后，在北宋期间，对道教的炼养及理论方面有承前启后作用的便是张伯端。
张伯端（984—1082年），字平叔，号紫阳山人，是北宋时期内丹学说的集大成者，著有《悟真篇》、《玉清金笥青华秘文金宝内炼丹诀》、《金丹四百字》等内丹著作。其代表作《悟真篇》对丹道理论及方法的发展有很大的贡献。张伯端认为道、儒、释三教虽分三，道乃归一。他主张金丹为修仙之至道，并强调先“命”而后“性”。《悟真篇》说：“学仙须是学天仙，惟有金丹最的端”，并认为“不识真铅正祖宗，万般作用枉施功”。排斥与金丹不同的修炼方术。《悟真篇》与《周易参同契》齐名，被道教推为内丹术之正宗。北宋后，道教之主内丹者，莫不祖述《悟真篇》。在其内丹学说影响下，至四传弟子白玉蟾（1194—？年）时，形成了所谓“金丹派南宗”（相对于全真道北宗）。
金丹派南宗又称紫阳派，创始人白玉蟾，本名葛长庚，字如晦，号海琼子、琼山道人、五夷散人，生于海南琼州。幼举童子科。后于武夷山中师是陈楠，学内丹及雷法，并随之云游各地。陈楠羽化后，乃披发佯狂，浪迹江湖。嘉定十年（1217年）收彭耜、留元长为弟子，建立靖治，开始传教活动。第二年，游西山玉隆万寿宫，适逢建醮，都宫门请白玉蟾“为国升座”。又于九宫山瑞庆宫主国醮，颇得名声。著有《上清集》、《玉隆集》、《五夷集》等。白玉蟾以北宋张伯端为本派始祖，继承了张伯端的内丹理论，主张性命双修，先命后性，并把理学的“正心诚意”和佛教禅宗的“明心见性”学说纳入道教的修炼方法中。又“参学大洞法箓，奉行诸家大法”，把神霄雷法与内丹理论结合起来，提出内炼成丹、外用成法的思想，形成了一种独特的内丹理论。张伯端的思想对后世道教影响很大，被奉为道教内丹派南宗开山祖师，尊称“紫阳真人”。
宋室南渡以后，形成了南宋与金、元南北对峙的局面。当时道教内部宗派纷起，在金元之际，北方先后出现了太一道、真大道、全真道等道派。
太一道为卫州（今河南汲县）人萧抱珍（？—1166年）于金初创立。该派重符箓斋醮，规定道士必须出家，七传以后逐渐与正一道相融合。
太一道创立于金熙宗天眷年间（1138—1140年）。始祖为萧抱珍，他以“元气浑沦、太极剖判、至理统一”为教旨，概称其数为“太一教”。始祖萧抱珍，卫州人。他声称曾得仙人所赐秘箓，擅长祈祷诃禁法术，在乡间郡里常以符箓、符水为百姓治病；用祈祷咒语驱除蝗灾、求雨，利用这些济世利民的手段，得到河北地区民众的尊崇。他以传授“太一三元法箓”为名，在河南济县建立了第一个庵堂，信奉者日众，从此创立了太一教。金熙宗皇统八年（1148年）被召至京，为皇室治病，受到礼遇，赐改庵堂为“太一万寿观”，太一道从此显赫。金大定二年（1162年）诏准入粟购买度牒，道士所居之处，没有名额者，也可以输买，因此萧抱珍又建太清、迎祥两观，广招信徒入教。太一教借皇家的宠遇，得以在北方地区迅速发展，使太一教初具规模。萧抱珍卒于大定六年（1166年），赐号“太一一悟传教真人”。太一教以“元气混沦，太极剖判，至理统一”为教门宗旨，以“笃人伦，翊世教”为教门法则，是儒、道思想结合的体系。以老子“弱者道之用”为处世原则，以崇尚符箓为行世手段。信奉者需出家，尊守教门戒律；居住宫观始称庵，后改称宫，墓称塔。接受法嗣者必须先受秘箓法物，改姓始祖“萧”姓，这是所有道教派别中仅有的一派。
太一道与当时兴盛起来的真大道教、全真教一样是以拯救民众和社会为目标的重视实践性的三教合一的道派。
真大道亦创立于金初，创始人为沧州乐陵人刘德仁（1120—1180年），号无忧子。自幼喜读诗书。靖康之乱后，迁居盐山。由于身历北方社会的战乱，颇受流离之苦，因而产生了强烈的愤世嫉俗的思想。同时又受儒家、佛教的影响，把挣脱苦海的希望寄托在宗教信仰上，于是他自称遇一白发老翁（暗示老子），授以《道德经要言》，以此言论为救世大道的理论基础，对己可以修身，对人可以化度，在河北一带民众中广为流传。信徒渐渐增多后，便创立了大道教。刘德仁立教规九条：
（1） 视物犹己，勿萌戕害凶嗔之心；
（2） 忠于君，孝于亲，诚于人，辞无绮语，口无恶声；
（3） 除邪淫，守清静；
（4） 远势力，安贱贫，力耕而食，量入为用；
（5） 毋事博奕，毋习盗窃；
（6） 毋饮酒茹荤，衣食取足，毋为骄盈；
（7） 虚心而弱志，和光而同尘；
（8） 毋恃强梁，谦尊而光；
（9） 知足不辱，知止不殆。
大道教居处始称庵，后为宫观，墓称塔，与太一教同。大道教发展到第四祖毛希琮时改大道教为“真大道”，以区别以前之大道教。该派的特点是以清心寡欲、谦卑自守、力作而食为教旨，以无为保正性命，以无相驱役鬼神为教行。信教者须出家，遵守教戒。真大道教流行于河北燕京地区，所建宫观甚多，如大都之天宝宫、玉虚宫；平谷之迎祥宫；房山之隆阳宫等，但现存无几。该派以《道德经》为教旨，不尚炼丹飞仙之事，而颇重默祷召劾为人治病，主张出家苦行。元以后，逐渐衰落并消失，或已合并于全真道。
全真道，是金代兴起于北方三大新道派中最大的和最重要的派别，因始祖自题所居庵为全真堂而得名。该派创建于金大定（1161—1189年）年间，创立者王喆，生于宋徽宗政和二年（1112年），陕西咸阳大魏村人。原名中孚，字允卿，后改名世雄，字威德。入道后始改名为喆，字知明。因仰慕陶渊明之高风亮节，取号为重阳子。早年为儒生，兼习射骑。道书载，金正隆四年（1159年）曾于甘河遇仙人密付口诀，饮噀神水，自是断绝俗念，悟道出家。于终南山筑墓穴名曰“活死人墓”，开始修道。金世宗大定七年（1167年），云游至山东宁海，遇马钰（道号丹阳子）、孙不二（号清静散人）拜以为师，从此宣扬全真之道。后又收谭处端（号长真子）、刘处玄（号长生子）、丘处机（号长春子）、王处一（号玉阳子）、郝大通（号广宁子）为弟子，并在文登、莱州、登州等地建立三教七宝会、三教三光会、三教玉华会、三教金莲会、三教平等会。大定九年（1169年），与弟子马玉阳、谭长真、刘长生、丘长春西归，羽化于道中，葬于终南山刘蒋村，从此全真道尊为祖庭，金章宗赐庵名灵虚观，后元太宗加封为重阳万寿宫。元世祖至元六年（1269年）封王重阳为全真开化真君；元武宗至大三年（1310年）加封为重阳全真开化辅极帝君。王重阳著有传道诗千余首，编于《重阳全真集》内，又有《重阳教化集》、《重阳立教十五论》、《重阳分梨十化集》等。
该派主张三教合一，在修行方法上注重内丹修炼，不尚符箓与黄白之术，规定道士必须出家住宫观，不蓄妻子，持斋茹素，并制定了严格的清规戒律。全真教由一个有民族意识的宗教而兴起，援儒摄佛，吸收二教思想，形成以道家思想为核心的三教合一的新道教派别。为了广招信徒，把《道德经》、《般若心经》、《孝经》列为信徒必读经典，教人“孝谨纯一”，“正心诚意，少思寡欲”。注重在下层民众中传教，广为结纳中层士大夫阶级，谋求上层达官贵族、皇家宗室的支持，因此教派基础深厚，思想意识渗透到各个阶层，影响深远。
全真道的创始人王重阳传有七徒，是为“全真七子”，他们都对北方全真道的传播合发展作过重大贡献。其中以丘处机最为突出。丘处机（1148—1227年），字通密，号长春子，山东登州栖霞人。19岁出家入道，次年于山东宁海全真堂拜王重阳为师。当丘处机嗣教时，正值金元之际。金兴定三年（1219年），宋宁宗谴使召请，不应。元太祖闻其名，自乃蛮（今蒙古境内）谴臣持诏召请，丘处机以71岁高龄率十八弟子，从莱州出发，跋涉万里，历尽艰辛，历时两年多到达西域大雪山与成吉思汗相会。“太祖时方西征，日事攻战，处机每言，欲一天下者，必在乎不嗜杀人；及问为治之方，则对以敬天爱民为本；问长生久视之道，则告以清心寡欲为要”（见《元史·丘处机传》）。太祖深契其言，礼遇甚隆，尊为神仙，命他掌管天下道教事，又受赐金虎符，许他便宜从事，并赦免全真道士的赋税。这就为全真道的鼎盛奠定了基础。丘处机于1224年返大都（今北京），住长春宫（今北京白云观），此处成为全真道的活动中心。丘处机在此演教，立龙门之宗。在他的努力下，全真道的宫观数量和道教徒人数都迅速扩充，全真道进入鼎盛时期。丘长春著作有《大丹直指》、《摄生消息论》、《潘溪集》等。
全真教之所以比太一教、大道教兴盛、流传长久，除了受到统治阶级的青睐外，其中最主要的原因是教徒能恪守戒律，遵守规劝，注意自我的身心修养，得到民众的尊崇。全真教徒注重教史的修撰，第一部著作是真常真人李志常的《长春真人西游记》，其次是全真子宋披云继凿龙山道教石窟，重刊《金藏》于平阳。秦志安撰《金莲正宗记》，前收钟、吕，后述七真，是一部全真早期的教史。其后他在修撰，《金莲正宗记》、《烟霞录》、《绎仙》、《婺仙》等有关全真教史料，保存了有价值的资料。特别值得一提的是李道谦，以儒士入道，终身未尝废书。历任重阳宫主事，京兆道门提占，陕西五路西蜀四川道教提点。除自著《筠溪集》外，还著有《终南祖庭仙真内传》三卷、《七真年谱》一卷、《终南山记》三十卷、《甘水仙源录》六卷，使全真教史大备，历来为道教史家所重视。
自从全真道兴起以后，道教便出现了“北宗”与“南宗”的分立。南宗即北宋张伯端所传一派，主要活动于南宋时期。至元代中后期，在与南北二派均有师承关系的陈致虚（1289—？年）的努力下，紫阳一派亦归于全真，被称为“南宗”，王重阳一派，被称为“北宗”。
与北方三大道派兴起的同时，在南方除旧有的龙虎天师、茅山上清、阁皂灵宝等三山符箓诸派之外，这时自称独得异传而别立宗派者甚多，主要有从天师道衍化而来的神霄派，由上清派衍化而来的清微派，由灵宝派分化而来的东华派和净明道。
神霄派以传习“神霄雷法”而得名，假托其道法出自元始天王之子神霄玉清真王。实际上该派创始人是北宋末江西南丰道士王文卿（1093—1153年）。他曾被宋徽宗召见，拜为太素大夫，凝神殿校籍，不久又拜金门羽客，升凝神殿侍宸，赐号“冲虚通妙先生”。王文卿退居乡里后弟子甚多，得其传者依次有新城高子羽、临江徐次举、金溪聂天锡等人。其后得其传而最显著者则为临川谭悟真，据说“人不敢称其名，但谓之谭五雷”。北宋时在朝的名道士也多习神霄雷法，如林灵素、张继先、刘混康、徐守信、萨守坚、万宗师等。宋元间传神霄雷法的还有莫月鼎。神霄雷法还影响宋元间其它道派。例如张伯端所创金丹派南宗，从四祖陈楠开始兼传神霄雷法，陈楠之徒白玉蟾撰有雷法著作多种。
清微派以传习“清微雷法”而得名，假托其法出自清微天元始天尊。据《清微仙谱》称，该派创始人为广西永州人祖舒，南宋理宗时传至九代南毕道。实际上清微派是从南毕道、黄舜申师徒传授清微雷法开始兴盛起来的。南毕道，（1196——？）四川眉山人，宋理宗时任广西宪司。其幕僚黄某之子黄舜申得疾，南毕道治愈之，并悉以清微雷法受黄舜申。黄舜申（1224——？）遂成为清微派第十代祖师。宝佑中（1253——1258年），黄曾出任检阅，以擅雷法闻名京师。宋理宗召见，赐号“雷囦真人”。元世祖至元丙戌（1286年），黄又应诏赴阙，未几乞还乡里，隐于紫霞湖沧州之上。元室赐号为“雷渊广福普化真人”。黄舜申是清微道法的集大成者，门徒颇多。清微派的道法书现存主要有《清微斋法》、《清微元降大法》、《清微神烈秘法》等，另外《道法会元》中也保存有不少清微雷法著作。
净明道是南宋初年，西山道士何真公创立，是由灵宝派演化出来的一个分支。它尊奉许逊为祖师，称其法箓出于许逊之传。何真公所创之净明道，除传行一种称为“净明法”的符箓外，还重心性和内丹的修炼，特别是在其教义中力主以忠孝为本。何真公后嗣无人，其所创的教派后来被玉真子刘玉新建的净明道延续下来。刘玉（1257——1308年），字颐真，号玉真子。原籍鄱阳石门（今属江西），后迁至南昌建康。弱冠而孤，志存方外。至元二十九年（1292年），刘玉声称净明法师胡惠下降，告之“净明大教将兴，当出八百弟子，汝为之师”，并说元贞二年（1296年）腊月，许真君当降其家。于是，许多信徒投奔在刘玉门下。此后，刘玉便在西山一带开展传教活动，并陆续建立了一些坛、靖等宗教活动据点，使湮没百年的净明道再次兴盛起来。刘玉新建的净明道实际上是何真公净明道的延续何发展。刘玉羽化前以教事传付弟子黄元吉。黄元吉（1270——1324年），字希文，人称中黄先生，豫章丰城（今属江西）人。年十二，入西山玉隆万寿宫为道士。后从刘玉，得旌阳许真君忠孝之教。为人刚介，治众甚严。晚年以其教游说京师。泰定元年（1324年）十二月，羽化于京中崇真万寿宫。其弟子著名的有陈天和、徐慧、刘真传、熊玄晖、刘思复、黄通理等。继黄元吉掌教的净明宗师为徐慧（1291——1350年），一名徐异，号丹扃道人。他编辑净明道诸位祖师传记、神降法语及刘玉、黄元吉语录，著成《净明忠孝全书》六卷。徐慧之后，净明道传承法嗣不明。元以后一说合并于正一道，一说归于全真道。
东华派是从灵宝派分化出来的一个新道派，创始人是南宋初的宁全真。宁全真（1101——1181年），字本立，开封人。曾从田思真和仙人任子光受教，得东华、灵宝二派之传，遂将二系教法合而为一。从此道业大进，以斋醮祈祷之术行化南方。绍兴二十八年（1158年），金国南侵，高宗特旨召全真入殿廷，命奏章于天地，祈求国家平安。事毕，赐号“清微高士”，封“赞化先生”。以后国家每有斋醮之事，常命全真主典。晚年居浙江何淳真家，讲授道法，所传弟子甚多。宁全真所创的东华派，在上清、灵宝派传统的存思神真的基础上，吸收了内丹丹法，重视行法者个人的内炼工夫，把静坐修炼视为彻视通神、斋醮炼度之本。东华派传至元代林灵真时，又进入了一个兴盛时期。林灵真（1239——1302年），原名伟夫，字君昭，温州人。累举不第，乃弃儒从道，舍宅为观。从林虚一、薛熙真学东华道法。三十八代天师命其为温州路玄学讲师，不久升任本州道录。主持温州天清观，受教弟子百余人，龙虎山天师道弟子董处谦和后任玄教大宗师的吴全节，皆曾受其学。
在元统一全国之后，天师道在北方得到迅速传播，全真道在南方有较大发展。其他力量较为薄弱的各道派则逐渐与天师道或全真道相融合，符箓各派（如茅山宗、阁皂宗等）融入天师道（龙虎宗）之后，统称为正一道，从而形成正一和全真两大道派。经元、明、清各代，流传至今。
宗元之际，正一道与元朝皇室关系密切，因而在元代颇受尊崇，愈加兴盛。据说早在灭南宗之先，元世祖便于1259年派密使潜入龙虎山，访问35代天师张可大，向他不问统一天下之事。张可大回答说：“后二十年天下当混一。”南宗灭亡后，忽必烈乃于至元十三（1276）召见张可大之子，第36代天师张宗演，赐以玉芙蓉冠，组金无缝服，命他主领江南诸路道教，赐给银印。次年又封张为真人，命于长春宫主持周天大醮。从此之后，元朝历代师嗣位，皆沿例赐为真人，袭掌三山符箓及江南诸路道教，有权荐举任免江南各地的道录与宫观提点，奏请新建宫观名额及度牒，并可“自出牒度人为道士”。元代天师中最荣耀者为第38代天师张与材，他因劾治潮患有功，于成宗大德八年（1304）被封为“正一教主”，武宗即位后又授金紫光禄大夫，封留国公，赐给金印，秩视一品。第39代天师张嗣成，于泰定二年（1325）被封为“翊元崇德正一教主”并授集贤院知事，掌管天下道教事务。
元代正一道士中还出现了荣耀超过天师的张留孙、吴全节师徒。张留孙（1248——1321）原是张宗演弟子，至元十三年随师入朝，对答称旨，遂留侍阙下。元祖常向他询问修身治国之道，又曾为皇太子、皇后请祷治病有验，因而得到宠信，被封为上卿，赐给宝剑，并敕命两京各建崇真宫，让张留孙居之以掌祀事。至元二十五年（1278），又加封他为“玄教宗师、道教都提点、管领江北淮西荆襄道教事”，佩银印。此后元世祖对张“宠遇日隆，比于亲臣”。或命其出祠名山大川，或奉旨去江南访求遗贤，又受命为武宗、仁宗取名，参与任命宰相的决策等等。后来元成宗、武宗、仁宗等朝，对张的宠信亦始终不衰，“朝廷有大谋议，必见咨问”。他被加封的头衔愈来愈显耀，官阶也从三品进至一品。元成宗时被封为“玄教大宗师同知事集贤院道教事”，追赠三代魏国公。元武宗加封“大真人知集贤院大学士”。仁宗又加封为：“开府仪同三司、特进上卿、辅成赞化保运玄教大宗师、志道弘教冲玄仁靖大真人、知集贤院事、领诸路道教事。”其封号长达43字，可谓显赫无比。至治元年张留孙去世，又被元英宗封赠“真君”之号。其门下高徒有75人，其中封真人并分掌各地道教提点者7人，另有9人被命为宫观提点。
张留孙大弟子吴全节（1240——1321），出身儒门，随其师至大都。大德十一年（1370）被授为“玄教嗣师”。至治三年（1322）继承师位，出任玄教大宗师，赐真号，总摄江淮荆襄等处道教。他掌教25年，好与儒士结交。曾于至顺二年（1331）进陆九渊《语录》于朝，使陆氏心学为元室所重视，又曾荐举吴洽澄、阎复等儒臣。他去世后，夏文泳、张德隆、于有兴等人相继出掌玄教宗师。直至元朝灭亡后，明太祖只承认张天师后嗣，而不承认玄教宗师，张留孙的玄教法嗣遂告终结。
正一道不出家，多从事符箓斋醮，祈福禳灾；全真道主张“全神炼气，出家修真”，建立了传戒和丛林制度。
